Como forma de promover a excelência são atribuídos vários prémios e bolsas aos alunos:

Bolsa de Mérito - Conferida anualmente pelo Instituto Politécnico de Portalegre ao melhor aluno (melhor média por ano) da ESAE: 5 vezes o salário mínimo nacional (5 x 450,00€)

Prémio do Melhor Diplomado - Conferido anualmente pela Câmara Municipal de Elvas ao melhor diplomado (melhor média final do bacharelato ou licenciatura): 500 euros

Prémio de Melhor Aluno do 1º Ano - Conferido anualmente pela Caixa Geral de Depósitos ao melhor aluno do 1º Ano (melhor média): 500 euros

Prémio “Livres Trânsitos Municipais” - Conferidos anualmente pela Câmara Municipal de Elvas, cinco “Livres Trânsitos Municipais” atribuídos aleatoriamente de entre todos os alunos validamente inscritos e mediante prévia candidatura.

Prémio “Visita ao Parlamento Europeu” – Conferido nos anos lectivos de 2006/2007 e 07/08 aos alunos que obtiveram a melhor avaliação na disciplina de Economia e Política Agrária (11 alunos num ano e 5 no seguinte). A visita foi financiada pelo próprio Parlamento Europeu, com o patrocínio do Eurodeputado Dr. Capoulas Santos.